Отговор: Словосъчетанието заместник главен директор се пише разделно, защото пред словосъчетанието главен директор е прибавено още едно съществително – заместник. В този случай цялото словосъчетание се пише разделно.
Официален правописен речник (2012), т. 54.1.5.
[...]