Отговор: Думата заместник-началник е сложно съществително, което се пише с дефис (полуслято), тъй като се състои от основи на съществителни имена, второто от които пояснява първото. (При граматична промяна се изменя само втората част на сложната дума: заместник-началникът, заместник-началници.)
Официален правописен речник (2012), т. 54.1.
[...]